人生如戏，相信长链非编码RNA（lncRNA）也体会到了。之前一直遭冷遇，如今却是万人迷。其实，人类及其他哺乳动物的基因组转录了数万条lncRNA。根据GenCode数据库中版本的数据，人类基因组中包含16,000条lncRNA，产生了近28,000条转录本。再加上其他数据库的数据，目前已知的lncRNA超过40,000条。 这些类似mRNA的转录本在各种基因调控水平和胚胎发育等生物学过程中发挥作用。越来越多的证据也表明，异常表达的lncRNA在多种疾病状态中发挥重要作用，如癌症。这些RNA尽管在十几年前就已经发现，但只有少数分子的功能得到鉴定。 德克萨斯大学西南医学中心的药理学教授David Corey表示：“你必须从检测非编码转录本开始。”他的研究方向是将lncRNA作为药物靶点。“我对这些数据库不感冒，因为可能存在错误。他们可能检测到你的细胞系中不存在的RNA或很少量的RNA。” 若并非全基因组范围内的检测，Corey博士通常利用定量PCR来检测非编码转录本。“如果我们认为那儿有一条非编码转录本，我们就用5’和3’ RACE来扩增和检测这些区域，”他说。“了解它的起始位点和终止位点是件好事，但不一定是必需的。如果你主要对功能感兴趣，那么就不用了解全部情况，若存在重叠的转录本，检测起来也比较困难。” 如果转录本的确存在，下一步则是利用逆转录来生成RNA，“或者购买一条适当长度的RNA，但是序列必须相同，”Corey博士说。“你必须使用*相同的qPCR引物，否则失之毫厘，谬以千里。” 当然，与mRNA相比，分析这些lncRNA面临*的挑战。据ArrayStar的资深科学家Yanggu Shi介绍，lncRNA的丰度水平通常比mRNA低十倍，而且组织特异性高，近80%的lncRNA是组织特异的，但mRNA不到20%。lncRNA的注释比较少，因为它们不编码蛋白质。此外，一些lncRNA没有poly(A)尾。它们大多位于细胞核中。“基于这些原因，我们需要一些特殊方法来分析和注释，”Shi博士说。ArrayStar专门开发分析RNA表达和调控的工具，特别是调控性的非编码RNA。 举个例子，RNA测序通常产生4000万条序列，但lncRNA的测序覆盖度太低，不足以进行可靠定量。“利用这种方法，lncRNA测序至少需要1亿条序列，比常规的mRNA测序要多得多，”Shi博士解释道。“相比之下，芯片受低丰度转录本的影响没那么大，且错误定量的几率较低。” 据Shi博士介绍，ArrayStar的lncRNA芯片带有许多注释，得到实验支持，并被许多文献引用。比如，ArrayStar芯片曾出现在《Nature Cell Biology》的一篇论文中，说明三阴乳腺癌中的细胞质LINK-A lncRNA激活了常氧下的HIF1α信号通路1。 |
